Второй сезон «Радужного моря» начинается ровно с того момента, где закончился первый. Шторм, который должен был разлучить главных героев, вместо этого выбрасывает их на берег таинственного архипелага, которого нет ни на одной карте. Это место — живой организм. Вода здесь переливается всеми цветами спектра не из-за кораллов или планктона, а из-за древней энергии, запертой в недрах островов. Рю и Наоми, чудом выжившие после крушения, понимают, что их преследует не только корпорация, жаждущая заполучить секрет радужной воды, но и нечто более древнее. Местные жители, потомки забытой цивилизации, называют это «Голодом Бездны» — сущность, которая питается эмоциями и окрашивает море в цвета страха, гнева или отчаяния. Рю начинает слышать голос океана, который манит его к центру архипелага, обещая ответы на вопросы о его прошлом. Но цена этих ответов — его собственная память. Наоми, в свою очередь, обнаруживает, что её способность чувствовать чужую боль — не проклятие, а ключ к управлению цветами воды. Она может успокаивать штормы, но каждое использование этой силы оставляет на её коже радужные шрамы.
Параллельно развивается линия антагониста — капитана Элис, которая в первом сезоне была просто наёмницей. Во втором сезоне выясняется, что она — последняя из хранителей равновесия, предавшая свой орден. Элис хочет не просто захватить радужное море, а уничтожить его, потому что считает, что эта красота — ловушка, созданная для того, чтобы заманивать людей в лоно Бездны. Её мотивы раскрываются через флешбэки: когда-то она потеряла всю команду из-за того, что поверила в магию океана. Кульминация сезона происходит в «Глазе Бури» — подводной пещере, где сходятся все цвета. Рю и Наоми приходится сделать невозможный выбор: либо запереть Бездну навсегда, пожертвовав радужным морем и превратив его в обычную солёную воду, либо отпустить древнюю силу, рискуя, что она поглотит весь мир. В финале они находят третий путь — не уничтожают и не отпускают, а перекодируют саму суть цвета, превращая разрушительную энергию в созидательную. Но это требует жертвы: Рю теряет голос, навсегда оставаясь немым, но обретая способность понимать язык океана без слов. Последняя сцена — тихое утро, море переливается спокойными пастельными тонами, а на берегу сидят двое, и им не нужно говорить, чтобы слышать друг друга.
