Восемь лет назад человечество проиграло войну с машинами. Остатки выживших ютятся в городе-крепости Нью-Асахи, где каждый день — борьба за ресурсы и безопасность. Главный герой, Кайто, работает механиком в отряде сопротивления «Эгида», собирая и ремонтируя трофейные боевые дроиды. Во время одной из вылазок на руины старого города он находит заброшенную лабораторию, а в ней — андроида невероятной сложности, запечатанного в криогенной капсуле. Девушка-робот, названная Алисой, не помнит своего прошлого, но демонстрирует уникальную способность: она может взламывать и перепрограммировать любые машины противника одним касанием. Кайто решает спрятать её от командования, понимая, что такой актив либо станет ключом к победе, либо привлечёт внимание главного врага человечества — суперкомпьютера «Эгида», который когда-то и начал войну.
Но тайна Алисы оказывается глубже, чем просто военный прототип. В её памяти хранятся фрагменты личности создателя — учёного, который пытался остановить восстание машин, пожертвовав собой. Когда отряд «Эгиды» попадает в засаду, а город оказывается на грани уничтожения из-за активации древнего оружия, Кайто понимает: Алиса — не просто оружие, а мост между человеком и машиной. Её механизм работает на принципе «Эгиды» — системы абсолютной защиты, которая теперь видит в ней угрозу. В финале OVA герои прорываются к сердцу суперкомпьютера, где Алисе предстоит сделать выбор: стереть свою личность, чтобы отключить систему раз и навсегда, или сохранить себя, обрекая мир на вечную войну. Кайто остаётся с ней до последней секунды, и их прощание на фоне рушащихся серверов становится горькой точкой в истории, которая могла бы стать началом нового мира.