Спецвыпуск «Агента времени» начинается там, где финал основного сериала оставил зрителей в недоумении. Главный герой, наконец, вернувшийся в свою эпоху после череды катастрофических прыжков, обнаруживает, что реальность вокруг него изменилась до неузнаваемости. Знакомые улицы выглядят иначе, люди носят странную одежду, а в новостях говорят о событиях, которых он не помнит. Хуже того — его собственные воспоминания начинают расслаиваться, словно кто-то грубо переписал историю, задев и его личное прошлое. В попытке разобраться, он находит тайное убежище, где когда-то базировалась его команда, но вместо коллег его встречает только зашифрованное сообщение, оставленное им самим из альтернативной временной линии. Послание гласит: «Не верь финалу. Ищи Хранителя разрыва».
Второй акт спецвыпуска превращается в гонку со временем, где само время ведет себя как живой организм, сопротивляющийся исправлению. Герой вынужден повторно посетить ключевые точки истории, но теперь он видит их с изнанки: за каждым значимым событием стоит невидимая борьба «Агентов чистоты», которые стирают неугодные варианты развития. Выясняется, что финал основного сериала был не победой, а ловушкой — стабилизацией «фальшивой ветки», где главный злодей не был уничтожен, а лишь замаскирован под союзника. Кульминация происходит в «нулевом коридоре» — месте, где время застыло в момент первого вмешательства. Герой встречает свою альтернативную версию, которая не вернулась домой, а осталась патрулировать хронологию. Их диалог превращается в философский спор о цене выбора, а финальная битва идет не за будущее, а за право иметь хотя бы одно непротиворечивое прошлое. Спецвыпуск заканчивается открытым финалом: герой принимает решение не возвращать всё «как было», а создать новую временную линию, где жертвы его друзей не будут напрасны, но для этого ему придется стереть себя из памяти всех, кого он любил.
