В мире, где технологии слились с природой, существует скрытый архипелаг Капибара — острова, где гигантские капибары стали разумными и построили собственную цивилизацию. Главный герой, молодой инженер по имени Рё, случайно находит портал в этот мир во время испытаний нового экзоскелета для подводных работ. На архипелаге он знакомится с Мико — капибарой-изобретательницей, которая носит очки из бамбука и управляет механическими плотинами. Вместе они обнаруживают, что древний подводный вулкан, питающий энергией острова, начал пробуждаться из-за загрязнения океана людьми. Рё понимает, что его собственный проект по добыче редкоземельных металлов на дне моря стал причиной катастрофы. Теперь ему предстоит не только спасти новый мир, но и найти способ остановить свою корпорацию, не раскрывая существование капибар.
Параллельно развивается линия старейшины Тама — мудрой капибары с шерстью, покрытой светящимися лишайниками. Она хранит секрет древнего симбиоза: когда-то люди и капибары жили вместе, используя биолюминесцентные водоросли для очистки воды. Но алчность людей разрушила союз, и капибары ушли в изоляцию. Рё и Мико собирают команду из механического краба-уборщика, говорящего попугая-переводчика и старого дайвера-отшельника, который знает правду о прошлом. В финале они не просто усмиряют вулкан — они создают гибридную технологию, где экзоскелеты Рё работают на биотопливе из водорослей, а капибары учатся управлять дронами. Но главный поворот ждет впереди: оказывается, что вулкан — это не просто природный объект, а спящий гигантский организм, и капибары — его стражи. Рё принимает решение остаться на островах, чтобы наладить мост между двумя мирами, пока его корпорация не начала новую охоту за ресурсами.