Второй сезон «7 семян» начинается с того, что выжившие из групп Лето, Весна и Осень, наконец, находят друг друга. Они осознают, что их «ковчеги» — это лишь часть глобального плана, и на планете есть другие базы, где могли сохраниться люди. Главной движущей силой становится поиск базы «Пирика», которая, по слухам, является ключом к восстановлению цивилизации. Но путь к ней лежит через океан, полный мутировавших морских чудовищ, и через земли, где климат сошел с ума. Команда вынуждена объединить усилия: Арамаки берет на себя стратегическое руководство, Нацуки пытается сохранить человечность в группе, а Ханамура ищет свою пропавшую сестру. Параллельно раскрывается правда о «Семи семенах» — оказывается, что проект был не просто спасением, а жестоким экспериментом по отбору «идеальных» людей. Те, кто не прошел отбор, были стерты из памяти, а их тела использованы для создания киборгов-стражей.
Вторая половина сезона переворачивает все с ног на голову. Выжившие находят базу «Пирика», но вместо убежища их ждет пустой город-призрак и записи безумного ученого, который создал вирус, уничтоживший старый мир. Оказывается, что «Семь семен» — это не конец, а лишь первый этап. Настоящая цель — заселить Землю гибридами людей и животных, которые смогут выжить в новых условиях. Группа сталкивается с моральным выбором: принять новую эволюцию или бороться за право остаться людьми. В финале происходит столкновение с последней, седьмой группой — «Зимой», которая не спала в криосне, а жила в подземном городе, мутируя и теряя рассудок. Кульминацией становится битва за контроль над климатической установкой, где каждый персонаж жертвует чем-то важным. Сезон заканчивается открытым финалом: выжившие разделяются на два лагеря — одни уходят строить новый мир в гармонии с природой, другие остаются в руинах базы, чтобы расшифровать тайны прошлого.
