Второй сезон «Мэйджора» подхватывает историю спустя несколько лет после событий первого. Город Иокогама, где живёт юный бейсбольный вундеркинд Горо Хонда, снова становится ареной для его взросления. Горо уже не просто талантливый мальчишка, бросающий мяч с невероятной силой, — он переходит в среднюю школу и сталкивается с жестокой реальностью подросткового спорта. Его отец, бывший профессиональный питчер Сигэхару Хонда, погиб, и Горо остаётся один на один с грузом ожиданий и собственными амбициями. Он поступает в школу Мифуне, где бейсбольный клуб — это не игра, а жёсткая система, где место в основе нужно вырывать с боем. Горо, привыкший полагаться только на свой талант и интуицию, впервые сталкивается с командной дисциплиной, завистью старших игроков и предательством друзей. Его главный соперник и одновременно друг детства, Таига Симидзу, уходит в тень из-за травмы, оставляя Горо в одиночку доказывать, что он достоин носить форму. Каждая тренировка превращается в испытание на прочность, а каждый матч — в битву не только с соперниками, но и с собственными страхами. Горо учится проигрывать, мириться с несправедливостью судей и понимать, что бейсбол — это не только скорость подачи, но и умение доверять тем, кто стоит за спиной.
Параллельно с турнирными баталиями раскрывается личная драма Горо. Он пытается разобраться в своих чувствах к Момоко, дочери тренера, которая становится для него не просто другом, а первым романтическим интересом. Но отношения омрачены секретами прошлого: выясняется, что смерть отца Горо была не случайной, а связана с тёмными махинациями в профессиональном бейсболе. Горо приходится выбирать между слепой местью и желанием играть честно, как завещал отец. В финальных сериях сезона команда Мифуне пробивается на национальный чемпионат, но Горо получает травму плеча из-за изнурительных нагрузок. Врачи запрещают ему бросать, но он, стиснув зубы, выходит на решающий матч, рискуя навсегда остаться инвалидом. Последняя сцена — разбитая перчатка, мокрое от слёз и пота поле, и Горо, который, несмотря на боль, впервые чувствует, что нашёл настоящую семью в лице своих товарищей по команде. Сезон заканчивается на клиффхэнгере: Горо уезжает в США, чтобы попробовать себя в американском бейсболе, оставляя позади школу, друзей и неразрешённые чувства.
