В глухой чаще леса Окойя, где человеческая нога — редкость, а древние деревья помнят времена первых покемонов, живет мальчик по имени Коко. Он не знает другого мира, кроме этого зеленого храма. Его воспитал и защищал могущественный Зарудо, легендарный покемон, который нашел младенца после крушения. Коко считает себя покемоном, он лазает по ветвям, понимает язык зверей и чувствует энергию леса так же остро, как любой дикий монстр. Его жизнь — это бесконечная игра в прятки с солнечными зайчиками и охота за сладкими ягодами, пока однажды в священную чащу не вторгаются чужаки. Эш Кетчум и Пикачу, забредшие в эти края в поисках приключений, случайно натыкаются на Коко. Встреча переворачивает все с ног на голову: мальчик впервые видит себе подобных, слышит человеческую речь и чувствует запах гаджетов. Зарудо, верящий, что люди — это угроза и боль, приходит в ярость и пытается прогнать незваных гостей. Но искра любопытства уже зажжена в сердце Коко, и он тайком сбегает из родного гнезда, чтобы узнать, что же такое этот странный мир за пределами листвы.
Пока Коко учится у Эша дружбе, смеху и простым человеческим радостям, над лесом Окойя сгущаются тучи. Безжалостная корпорация, возглавляемая ученым Джеддом, охотится за источником чистейшей энергии, который, по слухам, скрыт в самом сердце чащи. Этот источник — не просто артефакт, он связан с тайной происхождения Коко и силой, что питает всех покемонов в округе. Джедд, ослепленный жаждой прогресса, не остановится ни перед чем: он сжигает деревья, ловит диких монстров и готов уничтожить весь лес ради своей цели. Коко оказывается между двух огней. С одной стороны — его отец Зарудо, который учил его ненавидеть людей и защищать дом любой ценой. С другой — Эш, который показывает, что люди могут быть добрыми и что мир стоит того, чтобы за него бороться, а не прятаться. Когда корпорация запускает разрушительную машину, лес начинает умирать, и Коко приходится сделать самый трудный выбор в своей жизни: остаться покемоном, верным инстинктам, или стать человеком, способным объединить два мира. В финальной битве, где сталкиваются ярость природы и бездушие технологий, мальчик доказывает, что настоящая сила не в происхождении, а в любви к тем, кто стал твоей семьей.