Второй сезон «Разноцветных попугаев» начинается ровно там, где закончился первый: тишина в клетке становится невыносимой, а перья на полу — единственным напоминанием о том, что здесь когда-то жили. Главный герой, так и не оправившийся от потери своей стаи, находит странное послание, оставленное когтями на старом зеркале. Это не просто каракули — это координаты. Он отправляется в заброшенный зоомагазин на окраине города, где, по слухам, держат говорящих птиц, способных воспроизводить не только слова, но и чужие воспоминания. Там он сталкивается с новым видом попугаев — ара с металлическими вкраплениями в клювах, которых местные называют «Эхо». Эти птицы не просто повторяют фразы, они транслируют последние мысли своих бывших хозяев, и одна из таких записей указывает на то, что исчезновение первой стаи было не случайностью, а частью эксперимента.
Параллельно раскрывается тёмная сторона города: оказывается, попугаев похищали для секретного проекта по созданию живых архиваторов — устройств, способных хранить человеческую память после смерти. Главный герой находит лабораторию под старым цирком, где содержатся десятки птиц, подключённых к странным машинам. Среди них он обнаруживает своего старого друга — попугая Жако, который теперь говорит голосом умершего учёного. Жако-учёный объясняет, что эксперимент вышел из-под контроля: птицы начали сливаться в единый коллективный разум, стирая собственные личности. Чтобы спасти оставшихся, герою приходится взломать систему, используя уникальную способность своего нового спутника — попугая-неразлучника по имени Пятнышко, который умеет не повторять, а искажать звуки, создавая помехи. Финальная битва происходит в ангаре, где тысячи клеток висят под потолком, а воздух наполнен какофонией из сотен голосов, кричащих одно и то же слово на разных языках. Герой разбивает главный генератор, и птицы, освобождённые от связи, разлетаются в разные стороны, унося с собой чужие тайны. Но в последней сцене Пятнышко, сидя на плече, вдруг произносит фразу, которую никто не говорил вслух: «Они вернутся за перьями». Камера поднимается вверх, показывая, что на крыше лаборатории сидит белый какаду, которого не было в списке спасённых, и в его глазах горит зелёный огонёк — такой же, как у машин в подвале.